A terméket nem 12 éven aluliak, gyomor- és nyombélfekélyben szenvedők, valamint hypercalcaemiában és hyperparathyreosisban szenvedőknek szánták.
A gombaellenes terápiában részesülők nem használhatják a Flonivin® Boulardii kapszulákat a terápiás hatás esetleges hiánya miatt.
A Saccharomyces boulardii-t tartalmazó termékek használata nem javasolt immunhiányos személyeknek, immunszuppresszív kezelésben részesülőknek, beleértve az allograft betegeket, közvetlenül a műtét után, véres hasmenésben szenvedőknek, valamint központi vénás katéterrel rendelkező személyeknek.